L'Église copte fait remonter sa succession patriarcale à Saint Marc qui séjourna à Alexandrie de 43 à 49 puis de 61 à 67.
Entre ces deux périodes, il ordonna un évêque, Annianos (Anien), en charge de la communauté chrétienne d'Alexandrie.
- Premier successeur de saint Marc, sur le Siège Apostolique d'Alexandrie, illustré, dans la suite, par plusieurs grands saints évêques et Docteurs de l'Église. La tradition conte de lui un épisode qui mérite d'être rapporté en raison de sa fraîcheur. Saint Anien était savetier à Alexandrie, mais ce chrétien, qui jurait souvent, étonna saint Marc qui venait faire réparer son soulier. Anien ne jurait pas par "Jupiter, Hercule ou les dieux", mais "Par le grand Dieu du ciel." Saint Marc mit alors la conversation sur ce grand Dieu du ciel que Jésus était venu révéler récemment. Saint Anien se convertit. Il devint le premier chrétien et ensuite le premier évêque d'Alexandrie en succédant à saint Marc.
Après le martyre Saint Marc en 67, Saint Anien lui succède comme deuxième évêque sur le siège d'Alexandrie.
Durant les trois premiers siècles de l'Église égyptienne l'évêque d'Alexandrie fut désigné par les prêtres locaux qui choisissaient l'un des leurs. Il fut, par la suite et jusqu'à nos jours, élu par un synode et choisi parmi les prêtres, les moines ou les ermites
L'autorité de l'évêque d'Alexandrie sur les autres diocèses égyptiens s'étendit rapidement, celui-ci étant historiquement l'une des premières autorités ecclésiastiques à décider de la nomination des prêtres dans les divers diocèses.
Le titre de pape fut donné à l'évêque d'Alexandrie à partir du pontificat de Denys d'Alexandrie (vers 250).
- On ne sait pas grand chose de l'évêque Denys d'Alexandrie, sinon ce que nous en dit Eusèbe de Césarée. Né très probablement au début du IIIe siècle à Alexandrie d'une famille païenne, disciple d'Origène et successeur de l'évêque Héraclas à Alexandrie (247), Denys - dit « le Grand » - est persécuté sous le règne de Philippe l'Arabe (248). Sous Dèce, il doit trouver refuge en Libye. Pendant les persécutions contre les chrétiens demandées par Valérien, il est exilé de nouveau en Libye jusqu'à ce qu'il doive sa libération à Gallien (262). À son retour, il doit affronter à Alexandrie une révolution et la peste. Invité au synode d'Antioche (264-265), il est empêché d'y assister en raison de sa vieillesse et il meurt durant le synode.
La très grande majorité des Coptes sont membres de l'Église copte orthodoxe dirigée par un primat, mais il existe aussi depuis le XIXe siècle une Église catholique copte, ainsi qu'une Église évangélique copte.
Sur le plan de la doctrine, l'Église copte orthodoxe est fidèle aux trois premiers Conciles oecuméniques et est souvent rattachée à tort, comme les Églises arménienne et éthiopienne, à l'orthodoxie, peut-être parce qu'elles présentent une grande similitude de rite. Elle s'en distingue pourtant puisqu'elle se fonde sur les thèses miaphysites condamnées par le concile de Chalcédoine. Les Coptes, comme tous les Égyptiens à l'exception des Nubiens, ne parlent qu'arabe et la messe se dit dans cette langue ; seules les prières du credo et le Notre Père se disent parfois encore en langue copte
Les Églises des trois conciles sont qualifiées de miaphysiques car elles suivent ce que disait Cyrille à propos de la nature du Christ.
- Celui-ci soutenait que les deux natures (humaine et divine) coexistent sans qu’il y ait égalité entre elles : « unique nature incarnée (mia physis) du Verbe de Dieu sans mélange et sans confusion ». La nature est divine, l’adjectif « incarné » désigne l’Humanité que le Verbe Divin a fait sienne. On ne peut donc pas parler de monophysisme, cette dernière doctrine niant toute partie humaine dans la nature du Christ.
